Helse- og omsorgsdepartementet har ansvar for fire regionale helseforetak, Norsk Helsenett SF og AS Vinmonopolet. Departementet har følgende underliggende etater: Helsedirektoratet, Folkehelseinstituttet, Direktoratet for e-helse, Statens helsetilsyn, Statens undersøkelseskommisjon for helse- og omsorgstjenesten (UKOM), Nasjonalt klageorgan for helsetjenesten, Norsk pasientskadeerstatning, Bioteknologirådet, Statens legemiddelverk, Direktoratet for strålevern og atomsikkerhet, og Mattilsynet. I tråd med sektorprinsippet har Helse- og omsorgsdepartementer et overordnet ansvar for forskning og kunnskapsutvikling for sin sektor. Dette inkluderer både et bredt ansvar for langsiktig og grunnleggende forskning og et smalt ansvar for mer kortsiktig forskning som grunnlag for politikk og forvaltning.